Depois de fazer o lançamento financeiro, seja de receitas ou despesas, você precisa dar baixa nelas no sistema para que constem como pagas.
Escolha a aba de receitas ou de despesas e localize sua receita/despesa pela caixa de pesquisa.
Atenção: pela regra, ao acessar as abas de receitas/despesas o sistema vai mostrar apenas os lançamentos com vencimento no mês corrente. Se você precisar encontrar lançamentos com outro vencimento, clique na busca avançada e mude o filtro, ou deixe o campo de data em branco.
Clique no lançamento que você gostaria de editar ou dar baixa e ele aparecerá à direita. Repare no marcador colorido informando de a despesa está pendente/atrasada/próxima do vencimento ou recebida.
Agora, basta clicar em receber para que essa receita/despesa conste como recebida/paga no sistema.